低溫干燥冷凍干燥機已廣泛應用于食品、醫藥、生物制品、活性物質等領域。其應用規模仍在迅速擴大。冷凍干燥技術已成為21世紀重要的應用技術。
(1) 在生物制品中的應用
一種活細菌疫苗。例如卡介苗、腦膜炎球菌疫苗、肺結核疫苗、痢疾口服活疫苗、沙門氏菌、鏈球菌等，
b 火災疫苗。如麻疹疫苗、流感疫苗、狂犬病疫苗、雞瘟疫苗等，
c 其他生物制品、生化藥物。乙肝表面抗原診斷滾雪球、人白細胞干擾素、輔酶A(CoA)、三磷酸腺苷(ATP)、尿激酶等，
(2)在西藥生產中的應用
大部分是注射劑，多是抗生素、循環器官、中 樞神經系統、維生素和腫瘤藥物。例如氨芐西林、利君沙(琥珀酸紅霉素片)等，
(3)在中藥生產中的應用
近年來，凍干法已被用于加工中成藥。制備的中成藥經浸漬、提取、過濾、濃縮、凍干后制成散劑、片劑或注射劑。
(4) 醫療應用
冷凍干燥技術可以長期保存血液、動脈、骨骼、皮膚、角膜和神經組織等各種器官。凍干時細胞不會被破壞，再水化后可以使生物體復活。例如，凍干的骨頭可以在室溫或冰箱中保存長達 2 年，
(5) 食品應用：
a 烹飪原料：肉、蛋、魚、蔬菜等，
b、食品工業原料：奶粉、雞蛋粉、植物蛋白粉、茶葉、干果、肉粉、豆粉等，
C、飲料：咖啡、果寶等。
D. 補充劑：花粉、蜂粉、龜粉等，
(6) 冷凍干燥技術的其他應用：
a.微生物和藻類：如各種細菌、酵母、酶、原生動物、微藻等的長期保存。
b.灣生物標本和生物組織：如各種動植物標本的制作，以及用于動物異種移植或異體移植的皮膚、骨骼、主動脈、心臟瓣膜等邊緣組織的干燥保存，
C. 為光學顯微鏡、電子掃描和透射顯微鏡制作小組織切片，
d.食品干燥方面：如咖啡、茶葉、肉類、魚蛋、海藻、水果、蔬菜、調味品、豆腐、方便食品等，
e.高 級營養及中草藥：如蜂王漿、蜂蜜、花粉、中草藥制劑等，
f.超細粉體的制備：如制備Al2O3、ZrO2、TiO2、Ba2Cu3O7~8、Ba2Ti9O20等超細粉體。
其他方面：
如化工行業的催化劑，冷凍干燥后催化效率可提高5-20倍；凍干植物葉片和土壤，研究土壤、肥料和氣候對植物生長的影響和因素的作用；濕木文物、淹書手稿等采用凍干法干燥。
